El ciclo presupuestario se inicia con la aprobación del presupuesto anual, y se termina con su liquidación y rendición de cuentas.

Para lo cual se realizará mensualmente un control de gestión ordinaria, para verificar el seguimiento del presupuesto y la distribución de las subvenciones de acuerdo con la normativa de concesión de las mismas en las distintas actividades.

Cualquier modificación presupuestaria requerirá el informe previo de la Comisión Económica, y posterior aprobación por la Junta Directiva y Comisión Delegada.

También existe el Comité de Auditoría y Control, órgano que está regulado en el Código de Buen Gobierno de la FEP y cuyo cometido básico consiste en evaluar el sistema de organización contable y garantizar la independencia del auditor externo de la Federación.

El Comité de Auditoría y Control Económico estará compuesto por un (1) Asesor económico y financiero designado por el Presidente, un (1) Vocal elegido por y entre los miembros de la Junta Directiva, un (1) miembro de la Comisión Delegada elegido por y entre los miembros de la misma y el Gerente si se hubiera nombrado, para la revisión, seguimiento y evaluación del sistema de organización contable y de la gestión económica de la FEP, quedando garantizada la independencia del auditor externo que designe el CSD en todas sus actuaciones.